Nel XIII secolo, "la via dell'acqua", ovvero la navigazione sulla Garonna, viene riaperta. In modo che un numero molto piccolo di abitanti proverà a stabilirsi prima come pescatori, poi come marinai. È quest'ultimo che, intorno al 1280, gettò le prime basi del Magistero.

La tradizione popolare è che il nome del Magistero è quello della donna che gestiva una locanda sulle rive del fiume con suo marito. Questo era certamente il maestro della barca, il pilota di nome magister, sua moglie era quindi il Magistero. A poco a poco il nome della locanda diventa il nome di queste poche abitazioni raggruppate; un nome generale è sostituito dal nome particolare per diventare un nome di luogo. E d'ora in poi Clermont designerà sotto il nome di Il Magistero (in due parole) il piccolo raggruppamento delle sponde del fiume che dipende da lui.